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该部动画讲述了卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。

在试图杀死整个宇宙的知识生活的无垠的敌人击退勇士超的力量，甚至是光，幸存下来的严酷命运基德奥特曼面对！地球的危机消退和数据缩减，欧布奥特曼，伽古拉和赛罗奥特曼现身！而Riku的热门感觉唤醒了基德进入终

小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘

还没有见过的神奇宝贝…还没有见过的城镇……为了见到未知的事物，小智与皮卡丘到了全新的冒险之地──合众地方！正为了在新天地的冒险雀跃不已时，眼前出现了这地方的神奇宝贝研究权威、红豆杉博士！大家立刻前往研

小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台-合众地方，这里居住着许多他们所不知道的精灵宝可梦。当他们初次踏上这片土地时，突如其来的黑云笼罩天空，伴随着神秘的精灵宝可梦。 随之而来且脱胎换骨的火箭队，以及活动目

在试图杀死整个宇宙的知识生活的无垠的敌人击退勇士超的力量，甚至是光，幸存下来的严酷命运基德奥特曼面对！地球的危机消退和数据缩减，欧布奥特曼，伽古拉和赛罗奥特曼现身！而Riku的热门感觉唤醒了基德进入终

还未见过土地上的宠物小精灵，小智想象着与劲敌的战斗。只能与至今一起旅行的小霞、小刚告别，回到故乡真新镇把除皮卡丘外的小精灵全部寄放在大木博士那，决心要去旅行。