抗战胜利前夕，偏门偏科的军统特训班留级生许忠义被迫到即将开赴东北的中共部队，卧底期间被我军的言行仁义所感化，对共产党有了新的认识，决心向我党自首，成为“为民造福的人”。

孟飞扬应老领导刘校长之邀，去少年军校担任教官，但少年军校里却是一群调皮孩子，尤其是201寝室，更聚集了五个有着各自坏毛病的问题少年他们以郭小兵为首，不断跟孟飞扬作对，并瞒着教官暗中收留了离家出走的小女

雷人鼠伙同蝗霸王一起密谋占领了小镇。镇长将吉木等人组织起来，成立了吉木特训队，并在山洞中接受先祖留传下来的多种武艺。吉木他们完成特训后，下山夺回小镇。可是，因为他们所学技能不够纯熟，再加上雷人鼠捣乱，

在训练中，李非与麦军在分歧和竞争渐多，成见也渐深，各人经历一连串的特训与外来的挑战，队友们逐步学会团结合作。最后，李非凭借个人魅力和他过人的技术带领全队与各队对手展开激烈竞技。

G.I.JOE是美国特训特种敢死队的代号，该队组建的目的是维护人类的自由与安全他们的对手——眼镜蛇部队，是一个妄图统治世界的残忍的KB组织——特种部队，真正的美国英雄。