该动画承接《神探四豆星Ⅱ》的故事，继续讲述以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。

七剑合壁之后，万念俱灰的马三娘想起了十二年前被她抛弃的儿子，于是来到雪岛寻子。马三娘得知阿木的第三只眼是天底下最邪恶的力量，于是企图诱使阿木用第三只眼夺取风、雨、雷、电四大神兽的内丹，进而得到麒麟，好让马三娘东山再起，称霸武林。灾难开始步步紧逼，麒麟危在旦夕。虹猫、蓝兔双剑出鞘，雷霆出击。刀光剑影里，正义与邪恶开始激烈交锋。