这个世界上曾经有着一个被称为“光之巨人”的存在。不久，“光之巨人”完成了他的使命，返回了遥远宇宙的故乡，跟他同化的地球人也失去了过往的记忆，回到了自己原本的地方。奥特曼的存在已成为过去之物，科学特搜队

5年前の巡査部長夫妻殺害と1年前の警部補殺害の容疑で暴力団、龍丸会の会長・田野崎を逮捕した警視庁捜査一課特捜班。取り調べを進めるが、主任の直樹（井ノ原快彦）は、妙に素直に取り調べに応じ、ついには全面自供までした田野崎の態度が腑に落ちない…。時を同じくして、警察庁審議官の桃子（名取裕子）が特捜班を訪ねてくる。相談があって警視総監・神田川（里見浩太朗）を訪ねたら、特捜班のところへ行けと言われたという。桃子は、ナイフを持った男に襲われた大学の後輩で検察庁・検事長の法子を守ってほしいと言い、直樹らが警護と襲撃