清末新疆地区，侠客许天雄从金匪手中救下遭到金行老板巴占贵暗算的淘金王身受重伤的淘金王告诉许天雄一定要找到他发现的秘密金洞，用金子从巴占贵手里赎出女儿金草。但奄奄一息的淘金王还未能说出金洞地点，便死去，

任一侠与好兄弟黎渊，不仅在现实生活是一起长大的发小，也是游戏世界里纵横驰骋的好伙伴。怀才不遇的黎渊为证明自己，妄图唤醒游戏中的上古邪神蛮王、企图掌控游戏世界。一侠为阻止黎渊，决定集结游戏中的顶级玩家谷

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……